정부는 제로에너지건축물 활성화를 위해 인증 시 건축기준 완화, 세제 혜택, 금융지원, 신재생에너지 설치보조금 지원, 에너지이용합리화 자금지원 등의 인센티브를 제공한다. 

건축기준 완화는 법 및 조례에서 정하는 건축물의 용적률 및 높이 등에 대해 제로에너지건축물 인증등급에 따라 11~15%의 범위에서 완화비율을 적용한다. 

세제 혜택은 건축물 또는 주택의 취득세를 15% 경감한다. 

금융지원은 주택도시기금 대출한도 상향과 기반시설 기부채납 부담수준 경감으로 구분할 수 있다. 주택도시기금 대출한도는 제로에너지건축물 인증 공공분양주택, 공공임대주택, 국민임대주택, 행복주택, 민간임대주택에 대해 주택도시기금 대출한도를 20% 상향한다. 기반시설 기부채납 부담수준은 최대 15%까지 경감률을 적용해준다. 

신재생에너지 설치보조금은 에너지자립률 달성을 위해 필수적으로 설치가 요구됨에 따라 신청 시 우선 지원 및 가점을 부여한다. 신재생에너지 지원 사업 중 주택지원 사업, 건물지원 사업, 융‧복합지원 사업에서 제로에너지건축물 인증 건축물에 대해 우대 적용하고, 제로에너지건축물 인증 취득 건축물에 대해 주택지원사업에서는 우선 지원한다. 

건물지원 및 융‧복합지원 사업은 신청사업 평가 시 각각 2점, 3점의 가점을 부여한다. 에너지이용합리화 자금 지원 중 절약시설 설치사업은 제로에너지건축물 예비인증을 취득한 건축물(공동주택 제외)의 에너지효율 관련 설비 투자 시 투자비의 일부를 장기 저리로 지원한다. 에너지신산업 금융지원사업은 제로에너지건축물 예비인증을 취득한 사업 또는 이에 준하는 건축물로 건축물 에너지효율등급 인증 1++등급 이상의 예비인증을 취득한 사업으로 3년 이내에 실시하는 경우, 소요자금의 일부를 장기 저리로 지원한다. 자금지원 대상사업을 추진하는 중소기업, 중견기업, 대기업, 비영리기업 및 공공기관을 지원대상자로 한다. 다만 정부로부터 설치자금의 일부를 무상지원 받은 시설은 지원대상에서 제외된다.